Jedním z potlačovacích nástrojů nacistického režimu byly koncentrační tábory, v nichž nacisté věznili za nelidských podmínek své politické odpůrce. Postupně se tábory odlišily navzájem svou specifikou – jedny byly převážně průchodní, jiné se staly masovými vyhlazovacími tábory (Osvětim, Mauthausen, Majdanek, Treblinka). Avšak i v dalších táborech (Buchenwald, Sachsenhausen, Dachau či Ravensbrück) zahynuly statisíce vězňů. Z 360 000 československých občanů, kteří zahynuli za 2. světové války, téměř 2/3 přišly o život v koncentračních táborech.

Koncentračních táborů nacisté používali také k systematické masové likvidaci osob uvězněných z rasových důvodů. Sběrným a průchozím táborem pro židovské obyvatelstvo se stalo ghetto založené na podzim 1941 Reinhardem Heydrichem v Terezíně. Pro celou jihovýchodní Moravu se sběrným místem stal Uherský Brod, odkud bylo na 3 000 Židů ve třech transportech v lednu 1943 odesláno do Terezína.

Obyvatelstvo romského původu bylo v protektorátu soustřeďováno do internačních táborů v Letech u Písku a v Hodoníně u Kunštátu. Židé a Romové byli posléze odesíláni do vyhlazovacích táborů na východ. Byly to zejména Osvětim, Treblinka a Majdanek, odkud v drtivé většině nebylo návratu. Genocida Židů za druhé světové války je známa pod pojmem holocaust či šoa, vyhlazování Romů a Sintů jako porajmos.